碳酸酐酶抑制剂类药物不良反应呈剂量相关性，在短期或间歇使用很少发生严重不良反应。(1)常见四肢麻木及刺痛感、恶心、食欲缺乏、消化不良、困倦、嗜睡、性欲降低、体重减轻、抑郁、金属样味觉、腹泻及多尿等。首次用药后出现暂时性近视、皮疹。(2)偶见听力减退、情绪激动、口渴、头痛、运动失调、耳鸣、胃肠道症状。
(3)罕见剥脱性皮炎、粒细胞减少或再生障碍性贫血。(4)还可见血氨、血清胆红素、尿胆素浓度、血浆氯化物浓度升高，血钾浓度降低。(5)长期用药可加重低钾血症、低钠血症、代谢性酸中毒、高氯酸血症性酸中毒以及肾毒性（如肾绞痛、结石症、磺胺尿结晶、肾病综合征）等。
国外不良反应参考：(1)精神神经系统曾有短期使用本药引起嗜睡、精神错乱、肢端感觉异常的报道。(2)代谢/内分泌系统糖尿病患者使用本药可能出现血糖过高，而正常人无此现象。另外，本药还可导致高尿酸血症，但不如噻嗓类利尿药严重。(3)肌肉骨骼系统偶可引起弛缓性麻痹、骨质软化。 (4)消化系统短期使用可能出现食欲缺乏、味觉失调（在饮用含二氧化碳的饮料时更明显）。(5)血液曾有血小板减少、再生障碍性贫血、粒细胞缺乏的报道。(6)眼曾有暂时性近视、闭角型青光眼恶化的报道。(7)其他曾有引起过敏性休克的报道。使用碳酸酐酶抑制剂类药物时应当检查或监测急性发作时每曰应测眼压，慢性期应定期监测眼压、视力、视野。