角膜变性指由于某些先期疾病引起角膜组织退化变质并使功能减退。引起角膜变性的原发病通常为眼部炎症性疾病，少部分原因未明，但与遗传无关。角膜营养不良指角膜组织受某种异常基因决定，结构或功能进行性损害，发生具有病理组织学特征的组织改变。两者最主要的鉴别点在于病变的发生是否受异常基因所调控。因此正确的选项是C。