隐孢子虫病是由一种或多种隐孢子虫寄生于人和多种动物引起的一种人畜共患原虫病。对于隐孢子虫病的诊断，一般需要刮取呼吸道黏膜，染色检查虫体。隐孢子虫的最佳染色方法是齐尼氏染色法，在绿色的背景上观察到多量的圆形或椭圆形的红色虫体。因此，检查隐孢子虫的最佳染色方法是齐尼氏染色法。