肉孢子虫病的病理特征为淋巴细胞、噬酸性白细胞和吞噬细胞的浸润和钙化。有些肉孢子虫种具有较强的致病性，严重感染时能够引起动物死亡。但对于终末宿主犬、猫则无明显致病性。肉孢子虫在动物体内主要引起家畜贫血、消瘦、泌乳量降低、流产，甚至死亡。在肉检过程中肉眼可见肌肉中有大小不一的黄白色或灰白色线状与肌纤维平行的包囊，若压破包囊在显微镜下观察，则可见大量香蕉形慢殖子。另外，可见嗜酸性脓肿、各种肉芽肿的病变，患部肌纤维常呈不同程度的变性、坏死、断裂、再生和修复等现象，并有间质增生