隐孢子虫卵囊被宿主摄入后，子孢子经脱囊后钻入肠上皮细胞质内寄生。进行裂殖生殖后的裂殖子分化为小配子体或大配子体，大小配子结合形成合子，合子进一步发育为卵囊；卵囊在宿主体内孢子化，形成有4个子孢子的孢子化卵囊，随粪便排出体外成为其他动物和人的感染来源。因此，隐孢子虫随宿主粪便排出体外的虫体发育阶段是孢子化卵囊。