口蹄疫病毒的衣壳由4种结构蛋白VP1~VP4组成。非结构蛋白有前导蛋白酶、2A、2B、2C、3A、3B、3C蛋白酶和3D聚合酶及两种以上蛋白的复合体。检测非结构蛋白3ABC或其抗体可以区分野毒感染与疫苗接种，免疫动物3ABC抗体阴性，感染动物则为阳性。因此，能够区分口蹄疫病毒自然感染与疫苗免疫的抗体是3ABC抗体。