根尖周组织发生慢性炎症性变化，病损中分化出的破骨细胞将邻近牙槽骨和牙骨质吸收破坏，骨质破坏的区域由炎症肉芽组织取代。肉芽组织中含有大量慢性炎症细胞和成纤维细胞，慢性炎症细胞可消灭侵入根尖周组织的细菌和毒素，成纤维细胞则可增殖形成纤维组织，并以纤维被膜的方式包绕病变区域，限制炎症扩散到深部组织。这种以炎症性肉芽组织形成为主要病理变化的慢性根尖周炎即为根尖周肉芽肿，它是慢性根尖周炎的主要病变类型。