牙本质的间质为矿化的间质，其中有很细的胶原纤维，主要为Ⅰ型胶原。纤维的排列大部分与牙表面平行，而与牙本质小管垂直，彼此交织成网状。在冠部靠近釉质和根部靠近牙骨质最先形成的牙本质，胶原纤维的排列与小管平行，且与表面垂直，矿化均匀，镜下呈现不同的外观，在冠部者称罩牙本质，厚约10~15μm；在根部者称透明层。在罩牙本质和透明层以内的牙本质称髓周牙本质。