选项AB：纳税人受让土地使用权支付的契税，应计入“取得土地使用权所支付的金额”项目中扣除；选项C：纳税人占用耕地而缴纳的耕地占用税，应计入“房地产开发成本”项目中扣除；选项DE：纳税人转让存量房，不能取得评估价格，但能提供购房发票的，其购房时缴纳的契税，如能提供契税完税凭证，则应计入“与转让房地产有关的税金”项目中扣除。