垂体性闭经主要病变在垂体。腺垂体器质性病变或功能失调，均可影响促性腺激素分泌，继而影响卵巢功能引起闭经。常见有：垂体梗死如希恩综合征，垂体肿瘤如分泌催乳素的腺瘤以及空蝶鞍综合征。原发性垂体促性腺功能低下较罕见，患者卵巢有始基卵泡，但因垂体GnH分泌低下，卵泡不能生长发育，故为原发性闭经。