黄体功能不足有多种因素：神经内分泌调节功能紊乱可导致卵泡期FSH缺乏，使卵泡发育缓慢，雌激素分泌减少，从而对垂体及下丘脑正反馈不足；LH脉冲峰值不高及排卵峰后LH低脉冲缺陷，使排卵后黄体发育不全，孕激素分泌减少；卵巢本身发育不良，卵泡期颗粒细胞LH受体缺陷，也可使排卵后颗粒细胞黄素化不良，孕激素分泌减少，从而使子宫内膜分泌反应不足。有时黄体分泌功能正常，但维持时间短。部分黄体功能不足可由高泌乳素血症引起。此外，生理性因素如初潮、分娩后、绝经过渡期、以及内分泌疾病、代谢异常等，也可导致黄体不足。