结核杆菌细胞壁中含有大量的脂质，约占干重的60%，特别是有大量分支菌酸包围在肽聚糖层的外面，可影响染料的穿入。脂蛋白和蜡质D能够引起皮肤迟发型超敏反应。而磷脂能刺激单核细胞增生，并可抑制蛋白酶的分解作用，使病灶组织溶解不完全，形成结核结节和干酪样坏死。