选项 A：扁桃体上窝是腭扁桃体上端与舌腭弓之间的半月形凹陷，腭扁桃体并不位于扁桃体上窝内，而是大部分位于扁桃体窝中，所以该选项描述错误。
选项 B：腭扁桃体位于口咽部，在腭舌弓与腭咽弓之间的扁桃体窝内，这是腭扁桃体的正常解剖位置，该选项描述正确。
选项 C：在舌根部的黏膜内有舌扁桃体，是由淋巴组织组成的大小不等的丘状隆起，而腭扁桃体不在舌根部黏膜内，所以该选项描述错误。
选项 D：在鼻咽部的外侧壁有咽鼓管咽口，咽鼓管咽口周围的淋巴组织形成咽鼓管扁桃体，腭扁桃体位于口咽部，并非鼻咽部的外侧壁内，所以该选项描述错误。
选项 E：腭扁桃体在 1 - 3 岁时发育较快，4 - 10 岁时发育达高峰，是扁桃体最发达的时期，14 - 15 岁后逐渐退化，并非青春期发育快，所以该选项描述错误。
综上，正确答案是 B。