原位菌群失调是指正常菌群虽仍生活在原来部位，亦无外来菌入侵，但发生了数量上或种类结构上的变化。一度原位菌群失调在失调因素被消除后，可自然恢复；二度失调时，菌群内由生理波动转变为病理波动，去除失调因素后菌群仍处于失调状态，不易恢复，具有不可逆性。移位菌群失调又称定位转移，免疫力低下的病人易发生。