细菌对氨基苷类抗生素产生耐药性的原因主要是产生修饰和灭活氨基苷类抗生素抗生素的钝化酶，使其分子中的氨基或羟基乙酰化、腺苷酰化或磷酸化，使其失去抗菌活性，这是细菌产生耐药性的主要机制。这些钝化酶的基因是经质粒介导合成的，这些质粒广泛传播，大大限制了庆大霉素等的临床应用。不同类型的钝化酶可灭活不同的氨基苷类抗生素，其中有的酶对底物抗生素有它自己的特异性，故在氨基苷类抗生素间可能不存在交叉耐药性，但有的酶可灭活多种氨基苷类抗生素抗生素，则这些氨基苷类抗生素间可能存在交叉耐药性。