蛋白质亚基是组成蛋白质四级结构的一部分。 蛋白质或酶的生物学活性一般需要完整的结构形成一段功能区域 ，而一段亚基可能无法构成完整的功能区域 ，故单独的亚基可能无法具有生物学活性。蛋白质的第四级结构是由蛋白质亚基的立体排布和亚基之间次级键的连接组成的空间结构。
蛋白质的结构与生物的进化、遗传 、变异、繁殖和发育等重大生物学问题都有着密切的关系。
具有四级结构的蛋白质分子中，每条具有三级结构的多肽链单位称为亚基或亚单位。
蛋白质的第四级结构是由蛋白质亚基的立体排布和亚基之间次级键的连接组成的空间结构。
亚基（第二、三级结构--寡聚体二三肽和多聚体多肽链，第三级结构的多肽链也可再次通过共价键脱水缩合成更长更复杂的多肽链）主要是依靠非共价键结合的，第三级结构多肽链之间通过二硫键相互结合。组成一个大分子复合物的各种亚基可以相同也可以不同。