氯喹在大剂量、长疗程应用时，可引起视力障碍，以及肝肾损害。奎宁是从金鸡纳树皮中提取的一种生物碱，中毒时可致恶心、呕吐、耳鸣、头痛、听力和视力减弱，以及暂时性耳聋等，统称金鸡纳反应。青蒿素不良反应少见，偶致四肢麻木和心动过速。伯氨喹在少数特异质者可引起急性溶血性贫血和高铁血红蛋白血症。乙胺嘧啶在使用治疗剂量时，基本上不发生不良反应。但此药略带甜味，易被儿童误服中毒。