原发性肾病综合征常伴有一系列的并发症，有的并发症甚至会危及患者的生命，必须引起高度的重视，常见的并发症如下：
(1)继发感染：由于低蛋白血症，特别是部分免疫球蛋白低下，再加上营养不良和明显水肿，致使患者抵抗力降低，极易发生感染，儿童尤为明显，在病程中上呼吸道或皮肤感染等又常为肾病症状加重或复发的重要因素。肺炎双球菌性腹膜炎也较多见，也有葡萄球菌、革兰阴性杆菌引起的腹膜炎，皮肤感染以链球菌引起者为主，表现为蜂窝织炎、脓皮病或丹毒。
(2)有效循环血量不足所致循环衰竭或急性肾衰竭；由于胶体渗透压降低，导致有效血循环容量不足，再加上患者长期限盐限水或使用强力利尿剂或合并感染，使血容量更显不足，心排出量减少，患者多出现体位性低血压、休克，甚至出现急性肾衰竭。此时患者血液高度浓缩，实验室检查可见血红蛋白及红细胞压积均升高。
(3)血栓形成：常见有肾静脉血栓、肺动脉及静脉血栓、肺栓塞，周围静脉血栓性脉管炎。主要是由于高血脂、高度血液浓缩，黏滞度增加，凝血的变化等因素使血液形成。
(4)电解质失衡：多由长期不合理禁盐或反复应用利尿剂，可致低钠血症。激素治疗过程中发生利尿，而未及时补钾，则易出现低血钾。
上述并发症的防治方法如下：
(1)感染：注意皮肤及生活环境卫生，以减少皮肤感染及呼吸道感染的机会。一旦出现感染应积极应用抗生素。但不宜长期应用广谱抗生素，以免产生耐药性，以导致菌群失调。
(2)低容量性休克及急性肾衰竭：在肾病症状突出时，由于渗透压降低，患者出现低血容量。加上不少患者担心水肿而严格限盐、限水，从而造成低血容量性休克。使用强利尿剂，合并感染或恶心呕吐时更易诱发。肾病综合征时往往水肿明显，但同时有血容量的不足，因此患者不宜过分限制水的摄入。强利尿剂不宜持续使用，或者在扩容的基础上使用。由于上述情况而出现肾前性肾衰竭时，应立即静脉输入人体白蛋白，血浆及血浆代用品以纠正休克状态。
(3)血栓形成：对疑有血栓形成的患者需要给予抗凝药（如肝素）、纤溶药（如腹蛇抗栓酶）及血小板解聚药。