联合应用抗菌药物的指征有：①病原菌未查明的严重感染，如病原菌未查明的败血症；②单一抗菌药物不能控制的严重混合感染，如肠穿孔引起的腹膜炎；③单一抗菌药不能有效控制的感染性心内膜炎或败血症；④需长期用药细菌有可能产生耐药者，如结核病、慢性肾盂肾炎等；⑤为减少个别药物的毒性反应，如两性霉素B和氟胞嘧啶合用治疗深部真菌病，可减少前者用量以减少其毒性反应。而病毒和细菌混合感染所引起的上呼吸道炎症没有必要联合使用抗菌药物，因为抗菌药物对病毒感染性疾病无作用而且上呼吸道感染一般并不严重。