头痛之病因多端，但不外乎外感和内伤两大类。六淫之邪外袭，上犯巅顶，邪气滞留，阻抑清阳，或内伤诸疾，导致气血逆乱，瘀阻经络，脑失所养，均可发生头痛。
1．外感头痛：多因起居不慎，坐卧当风，感受风、寒、湿、热等外邪。外邪自表侵袭于经络，上犯巅顶，清阳之气受阻，气血不畅，阻遏络道而致头痛。又风为百病之长，多夹时气而发病。若夹寒邪，寒凝血滞，络道被阻而为头痛；若夹热邪，风热上炎，侵扰清空，而为头痛；若夹湿邪，湿聚清空，清阳不展，而致头痛。
2．内伤头痛："脑为髓之海"，主要依赖肝肾精血濡养及脾胃运化水谷精微，输布气血上充于脑。故内伤头痛其发病原因与肝、脾、肾三脏有关。因于肝者，一因情志所伤，肝失疏泄，郁而化火，上扰清空，而为头痛；一因火盛伤阴，肝失濡养，或肾水不足，水不涵木，导致肝肾阴虚，肝阳上亢，上扰清空而致头痛。因于肾者，多由禀赋不足，肾精久亏，脑髓空虚而致头痛。也可阴损及阳，肾阳衰微，清阳不展而为头痛。因于脾者，多系饥饱劳倦或病后、产后体虚，脾胃虚弱，生化不足，或失血之后，营血亏虚，不能上荣于脑髓脉络，而致头痛。或饮食不节，嗜酒肥甘，脾失健运，痰湿内生，上蒙清空，阻遏清阳而致头痛。至于外伤跌仆，久病入络，气滞血瘀，脉络瘀阻，不通则痛，每易致头痛。