药物代谢是在酶作用下将药物转化成极性分子，再通过正常系统排泄至体外的过程，药物通过吸收、分布并非以原药的形式排泄，而是将第Ⅰ相中药物产生的极性基团与体内的内源成分，经共价键结合，生成极性大、易溶于水和易排除体外的共价键结合物。增加药物的解离度或通过结构修饰增加亲脂性并不一定有利于代谢，只有药物具有合适的解离度、亲脂性的条件下，才利于药物的代谢。药物的代谢也可以代谢为活性成分，例如卡马西平在体内代谢为环氧化物后，才能发挥其抗惊厥的药理作用。