十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳中聚丙烯酰胺具有分子筛作用，小分子的蛋白质可以容易的通过凝胶孔径，阻力小，迁移速度快；大分子蛋白质则受到较大的阻力而被滞后，这样蛋白质在电泳过程中就会根据其各自分子量的大小而被分离。丙烯酰胺浓度越大，聚丙烯酰胺的分子筛作用越明显，线性分离范围越小；该物浓度越小，线性分离范围越大。