新型隐球菌大多由呼吸道传入，在肺部引起轻度炎症或隐性传染，亦可由破损皮肤及肠道传入。当机体免疫功能下降时可向全身播散，主要侵犯中枢神经系统，发生脑膜炎、脑炎、脑肉芽肿等，此外可侵入骨骼、肌肉、淋巴结、皮肤黏膜引起慢性炎症和脓肿。实验检查从脑脊液中可见圆形厚壁并围以厚荚膜的酵母型细菌。