小肠结肠炎耶尔森菌属于肠杆菌科耶尔森菌属，为革兰氏阴性小杆菌，有毒菌株多呈球杆状，无毒株以杆状多见。对营养要求不高，能在麦康凯琼脂上生长，但较其他肠道杆菌生长缓慢，培养的最适宜温度为28℃，最适pH值为7～8，初次培养菌落为光滑型，通过传代接种后菌落可能呈粗糙型。