正常人肠道中的菌群主要为厌氧菌，少数为需氧菌。正常菌群为类杆菌、乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，尚有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、产气荚膜杆菌、白色念珠菌等。两组菌群保持一定的数量和比例，互相制约，维持平衡。当人体抵抗力降低或长期大量滥用广谱抗生素及激素时，可使正常菌群被抑制，耐药的过路菌过量繁殖而导致肠道菌群失调。