内源性感染又称自身感染。病原体来自于病人自身储菌库（皮肤、口腔、泌尿生殖道、肠道）的正常菌群或外来的已定植菌。在医院感染控制中，消毒与灭菌在预防与控制内源性感染和外源性感染方面发挥其关键作用，但是内源性感染不易引起暴发流行，与病人的免疫力下降（基础疾病、免疫抑制剂的应用等）、体内生态环境失衡（长期大量使用抗生素）、细菌易位（诊疗操作）有关，也不易预防和控制。