原位失调是指正常菌群虽仍生活在原来部位，亦无外来菌入侵，但发生了数量或结构上的变化。根据失调程度不同，原位菌群可分为3类。一度失调是在外环境因素、宿主患病或所采取的医疗措施的作用下，一部分细菌受到了抑制，而另一部分细菌却得到了过度生长的机会，造成某些部位正常菌群的结构和数量发生暂时性的变动。二度失调是指正常菌群的结构、比例失调呈相持状态，不易恢复。三度失调是原正常菌群大部分被抑制，只有少数菌种占决定性优势。