大多数胆囊癌组织类型为腺癌（90%~95%），其他病理类型包括末分化癌（2%~7%）、鳞癌（1%~6%）及腺鳞癌，另外类癌、小细胞癌、恶性黑色素瘤、淋巴瘤及肉瘤则相当少见。有人将鳞癌腺鱗癌和腺比较，发现病理类型为鱗癌及腺鱗癌发生肝转移的患者明显多于腺癌，但患者临床表现差异无显著性。在这些肿瘤类型中，乳头状腺癌一般分化程度高，患者生存期较长，预后则越好。