百日咳鲍特菌常发生菌落由S型至R型变异。新分离菌株为S型，称为Ⅰ相菌，有荚膜，毒力强，Ⅱ相Ⅲ相菌株为过渡相菌，逐渐变为R型的Ⅳ相菌。从Ⅰ到Ⅳ相的变异，伴随着形态、菌落、溶血性、抗原构造、致病力等多方面的变异。Ⅳ相菌无荚膜，毒力丧失。制备疫苗应选用Ⅰ相菌。