疼痛通常是间歇性发作。只有少数患者有持续的疼痛。疼痛是最经常是每天发生，或是隔日或隔周发生。幻肢痛往往是发生在缺肢远端部分。通常疼痛发生在被截肢上肢的手指、手掌和下肢截肢者的脚趾、手心的感觉和脚踝。这可能是由于手和脚相肢体的近端部分皮质层厚。幻肢痛的角色通常被描述为放射痛，刺痛，燃烧感，麻木，抽搐，痉挛和压痛。