治疗肌筋膜疼痛时，理疗师必须评估、如果有指征的话、并且同时治疗软组织和关节的功能异常。关节囊功能限制可能暗示覆于关节表面的肌肉的功能，而肌肉的异常可能导致关节囊功能限制。关节突关节的牵涉痛模式可能与肌筋膜触发点的疼痛模式相似。躯体功能障碍可影响肌肉和关节的功能，从而导致活动范围受限和肌无力，这些可通过手法治疗轻松逆转。