(1)配置不同:内部EAP是建立在企业内部，配置专门机构或人员，为员工提供服务。大型和成熟企业会建立内部EAP,而且由企业内部机构和人员加以实施，更贴近和了解企业及员工的情况，因而能及时有效地发现和解决问题。外部EAP由专业EAP服务机构操作。企业需要与服务机构签订合同，并安排1- 2名EAP专员负责联络和配台。
(2)成本不同:一般而言，内部E AP比外部EAP更节省成本。
(3)信任程度不同:由于员工心理理敏感和保密需求，内部EAP对EAP的信任程度可能不如外部EAP。
(4)网络服务不同:外部专业EAP服务机构往往有着广泛的服务网络，能够为全国甚至全世界提供服务，这是内部EAP难以企及的。所以在实践中，内部EAP和外部EAP往往结合使用。
(5)建立周期不同:在没有实施经验以及专业机构指导、帮助下， 企业想马上建立内部EAP会很困难，所以绝大多数企业都是先实施外部EAP,然后建立内部的、长期的EAP。