绩效管理系统的运行方式是横向分工与纵向分解。(1)横向分工是指绩效工作的展开按照企业部门的业务分工不同，各自负责分内的工作，这是由各部门的职能所决定的，这体现在绩效考评上。(2)纵向分解是由层层落实战略目标所决定的，这是使战略落实到实处的必要工作，体现在绩效指标的分解和绩效考评的层层推进中。通过横向分工和纵向分解，企业的绩效指标体系、考评体系都完备地建立起来，绩效管理系统就是以这种网状结构推进的，并以这种方式进行考评。