企业集团的职能机构是指集团本部所设置的各种职能机构、办事机构和专业部门。这些机构的工作权限只下达到成员企业一级，成员企业内部机构如何设置、生产与管理如何进行，则应由各成员企业自行决定。企业集团职能机构一般应具有以下职权:(1)根据集团负责人的布置，为协商议事机构进行战略决策和其他重大决策的磋商提供信息或备选方案。(2)拟订集团中长期计划、年度生产经营计划和其他专题计划，经集团协商议机构决定后，分工合作，负责组织实施。(3)根据协商议事机构的决策，集中人力、物力、财力，开展攻关活动，包括重大技术改造、基本建设、科研试验、新产品开发、新市场开拓等。(4)根据协商议事机构的决策，从实现本集团的经营战略需要出发，打破成员企业“大而全””小而全的格局;对成员企业的生产经营进行优化组合。(5)对成员企业的生产、技术工作和经营管理进行协调与指导，同时抓好集团的经济活动分析，不断解决集团在生产经营上的薄弱环节和关键问题，提高经济效益。(6)抓好成员企业不能单独处理的有关业务工作。
企业集团职能机构的形式:(1)依托型的职能机构。也称依附型的职能机构，是指由一家实力雄享的主体企业的职能机构同时作为企业集团本部的职能机构，即所谓“两块牌子，一套管理人员”的管理体制。(2)独立型的职能机构。它是在各成员企业之上，建立一套独立的、专门的企业集团的职能机构，负责集团的管理工作,指导并协调各成员企业的生产经营活动。(3)智囊机构及专业公司和专业中心。无论是依托型企业集团还是独立型企业集团，都可根据需要设立智囊机构及必要的专业公司很专业中心。1)成立智囊机构。有的也称集团的决策咨询委员会、战略研究部或信息公司。其任务是:①收集、储存有关信息资料，对其进行综合整理,提供给集团协商议事的理事会作参考;②参与编制集团的经营战略规划、中长期计划和年度生产经营计划;③根据理事会的指示，为集团高层对重大问题的决策提供备选方案，参与集团的决策活动，为集团制定和实施正确的经营决策献计出力。2)设立专业公司和专业中心。规模大、经营业务繁重的企业集团，可以设立一些专业公司和专业中心。这些专业公司和专业中心是在集团负责人的指导下，从事某项专业活动，更好地发挥企业集团的整体优势，为集团和集团成员企业提供服务，减轻集团和集团成员企业的繁杂事务，实现集团的经营战略目标。这些专业公司和专业中心一般是独立核算、自负盈亏、自谋发展的法人实体。