氟胞嘧啶为抗深部真菌药。本品为抑菌剂，高浓度时具杀菌作用。其作用机制在于药物通过真菌细胞的渗透酶系统进入细胞内，转化为氟尿嘧啶，替代尿嘧啶进入真菌的脱氧核糖核酸中，从而阻断核酸的合成。对隐球菌属、念珠菌属和球搂酵母菌等具有较高抗菌活性；对着色真菌、少数曲霉属有一定抗菌活性，对其他真菌的抗菌作用均差。