庆大霉素有耳毒性和肾毒性，虽滴眼剂比注射剂发生率小，但对儿童、肾功能不全者不宜长期应用；碘苷滴眼剂长期应用可出现疼痛、瘙痒、眼睑过敏、睫毛脱落、角膜混浊或染色小点，不易消失；结膜炎初始，炎症性结膜炎可采用热敷的方法，以热毛巾或开水的热气熏蒸，但过敏性结膜炎宜用冷毛巾湿敷；阿昔洛韦滴眼剂应用时偶有一过性烧灼感、疼痛、皮疹、荨麻疹。应用眼膏后极少数患者可即出现一过性轻度疼痛，可出现浅表斑点状角膜病变，但无须中止治疗，预后亦无明显后遗症。