甲硝唑对肠内、肠外阿米巴滋养体有强大杀灭作用，是治疗急性阿米巴痢疾和肠道外阿米巴感染的首选药，同时对阴道毛滴虫有直接杀灭作用，是阴道滴虫病的首选药。二氯尼特杀灭肠腔内阿米巴原虫小滋养体，使包囊无来源，用于无症状阿米巴排包囊者。氯喹对肠内阿米巴病无效，仅用于甲硝唑无效或禁忌的肠外阿米巴病。