因氯喹对间日疟原虫红细胞内期的裂殖体有杀灭作用，故可有效地控制间日疟的症状发作，也可收到症状抑制性预防的效果。然而，氯喹对疟原虫红细胞外期无作用，故不能根治间日疟。伯氨喹对间日疟红细胞外期（或休眠期）有较强的杀灭作用，可根治之。故两药合用，既可有效地控制间日疟的临床症状，又可根治之。