模型（先导）化合物的寻找是药物设计的一个非常重要的内容，可以从多种途径获得模型（先导）化合物。主要的途径有随机筛选与意外发现，从天然产物中获得，由药物的体内代谢物中发现，由临床药物的副作用或者老药新用途中发现，由内源性活性物中发现，通过分子生物学途径发现先导化合物，由现有药物的药效基团经计算机辅助设计新型化合物等。