掌跖脓疱病与肠病性肢端皮炎均可累及四肢末端，不能作为鉴别要点。掌跖脓疱病为无菌性小脓疱，肠病性肢端皮炎为炎症基础上小水疱，掌跖脓疱病不累计腔口周围，肠病性肢端皮炎累及腔口部位，掌跖脓疱病无胃肠道症状而后者有，掌跖脓疱病组织病理为表皮类单房性脓疱形成，而后者病理表现无特异性。