动脉血流的速度因心动周期的变化而快慢不等。心脏收缩时，血流速度最快，而在舒张期时，血流速度明显变慢。使用心电门控在舒张期的MR扫描层上，动脉血流信号增高，因为这时血管内信号的形成主要是基于滞缓的血流本身T1、T2时间。同样，即使不用心电门控，若受检者心动周期与重复时间偶然同步，即两者相等时，也可产生类似心电门控的效果。