日本血吸虫虫卵沉着引起的损害为血吸虫病的主要病变，表现为形成嗜酸性脓肿和假结核结节，尾蚴引起尾蚴性皮炎。幼虫移行到肺时，部分可穿破肺泡壁毛细血管，游出到肺组织中，因点状出血及白细胞浸润，并可有血管炎改变。成虫寄生在肠系膜静脉和门静脉内，其代谢产物引起静脉炎和静脉周围炎。成虫死亡后，其分解产物可引起明显的静脉炎和静脉周围炎。日本血吸虫不寄生于胆管，故胆管无明显病变。