自身免疫性肝炎是因为抑制性T淋巴细胞的缺陷而导致免疫调节的紊乱和自身抗体产生，这些抗体可以损伤肝细胞。大体上与其他肝炎无明显区别，镜下与慢性病毒性肝炎相似，包括界板肝细胞的变性坏死及淋巴细胞浸润，与其他慢性肝炎不同的是病变区还常有较多浆细胞浸润。随纤维化程度的加重，最终可演变为肝硬化。