使用过氧乙酸进行消毒处理时可使用浸泡法、擦拭法和喷洒法。使用浸泡法时，浸泡时间为5分钟。对一般污染物品（如细菌繁殖体、亲脂病毒等），浸泡浓度应为0.05%(500mg/L)；对细菌芽胞污染物品，浸泡浓度应为1%(10000mg/L)。使用喷洒法时，浓度应为0.2%～0.4%(2000～4000mg/L)，作用30～60分钟。