脓胸最初常见的致病菌以肺炎链球菌和肺炎球菌多见，由于抗生素的应用，这些细菌所致肺炎和脓胸已较前少见，而葡萄球菌特别是耐药性金黄色葡萄球菌大大增多，尤以小儿多见，不宜控制。此外还有大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、真菌等，虽略少见，但也较以前增多。若为厌氧菌感染，则形成腐败性脓胸。