等离子体灭菌原理为气体物质在高频电磁场的作用下高度电离形成包含有电子、电荷的分子和原子、基态和激发态的分子和原子以及紫外线、γ射线、β粒子等，这些活性基团、高能紫外光子极易与微生物体内蛋白质和核酸物质发生反应，使其破坏；以及高速粒子的击穿效应和温度的辅助作用，导致微生物死亡。