在医学微生物检验中最常用的是光学显微镜，染色与未染色的微生物标本就可用此显微镜观察。处于不同的检验目的可用不同的显微镜，观察不染色活细菌的形态及其运动可用暗视野显微镜与相差显微镜，观察病毒的大小、细菌内部结构及其附件用电子显微镜，观察培养的细胞用倒置显微镜。