单纯性肾囊肿的鉴别诊断包括：多囊肾与多发性肾囊肿的鉴别，出血性肾囊肿与肾肿瘤的鉴别，肾盂旁囊肿与肾积水的鉴别，肾囊肿与肾囊性肿瘤的鉴别，肾囊肿与包虫囊肿的鉴别，肾囊肿与肾积水的鉴别。肾髓质囊肿是具有遗传倾向的先天性良性肾髓质囊性病变，典型的声像图表现为肾髓质回声显著增强，并无囊肿的声像图特征。