蛋白质变性是指在某些物理和化学因素作用下，蛋白质的空间构象被破坏，从而导致其理化性质的改变和生物活性的丧失。变性的本质是蛋白质空间构象的破坏，而一级结构（氨基酸排列顺序）并未改变（D选项正确，A选项错误）。蛋白质变性不是氨基酸组成的改变（B选项错误），肽键一般不会断裂，只有在极端条件下如强酸、强碱等才会使肽键断裂（C选项错误）。蛋白质水解是指蛋白质在蛋白酶等作用下，肽键断裂，形成氨基酸或小分子肽的过程，与蛋白质变性不同（E选项错误）。