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鼠疫杆菌的自然宿主是啮齿动物。在一定的地理生态环境中，啮齿类鼠疫连续或以不定的间歇期反复发生，使鼠疫杆菌在该地域内延续生存，形成自然疫源地。鼠疫主要在啮齿类动物间发病和流行，人与啮齿类感染动物接触或通过鼠蚤的叮咬可受到感染。